Vid Ekobrottsmyndigheten finns ett råd, Rådet för skydd av EU:s finansiella intressen, som ska främja en effektiv och korrekt användning av EU-relaterade medel och åtgärder mot bedrägerier, missbruk och annan oegentlig hantering av sådana medel i landet. Ekobrottsmyndigheten ansvarar för rådets kanslifunktioner.
I rådet ingår företrädare för Ekobrottsmyndigheten, Rikspolisstyrelsen, Tullverket, Ekonomistyrningsverket, Statens jordbruksverk, Fiskeriverket, Länsstyrelsen i Västerbottens län, Migrationsverket, Tillväxtverket och Rådet för Europeiska socialfonden i Sverige.
Enligt Ekobrottsmyndighetens instruktion ska rådet
främja samverkan mellan berörda myndigheter för att öka effektiviteten när det gäller att förebygga, upptäcka, utreda och vidta åtgärder vid misstanke om felaktig användning av EU-relaterade medel,
följa utvecklingen inom sitt ansvarsområde samt föreslå eller initiera åtgärder för att upprätthålla skyddet för EU:s finansiella intressen,
vara ett forum för informations- och erfarenhetsutbyte samt
analysera och utvärdera insatserna på området.
Dessutom ska rådet senast den 15 mars vart tredje år till regeringen lämna en rapport avseende skyddet av EU:s finansiella intressen i Sverige. Av rapporten ska det framgå vilka åtgärder som har vidtagits för att främja en effektiv och korrekt hantering av EU-relaterade medel och för att samordna berörda myndigheters insatser mot bedrägerier, missbruk och annan oegentlig hantering av sådana medel. I rapporten ska också redovisas hur rådets arbete utvecklats samt hur rådet avser att bedriva sitt arbete de tre därefter kommande åren. Nästa rapport ska lämnas den 15 mars 2010.