Ekobrottsmyndigheten är en åklagarmyndighet. Riksåklagaren har i egenskap av högste åklagare i riket vissa judiciella befogenheter i förhållande till Ekobrottsmyndigheten.
Medarbetare
Ekobrottsmyndigheten har ca 410 medarbetare varav ca 180 poliser, ca 85 åklagare, ca 40 ekorevisorer samt ca 40 ekoadministratörer. Övriga medarbetare är utöver GD:s kansli finansiella specialister och analytiker.
Verksamhet i storstadslänen
Ekobrottsmyndighetens operativa verksamhet bedrivs vid centralorterna Stockholm, Göteborg och Malmö. Verksamheten utförs i sju åklagarkammare, tre polisoperativa enheter och tre operativa serviceenheter.
Den polisoperativa enheten arbetar med kriminalunderrättelseverksamhet, spaning samt säkring och analys av beslag i IT-miljö.
Ekobrottsmyndigheten verkar huvudsakligen inom storstadsområdena. Till Stockholmskontoret hör också en utredningsenhet i Visby. Till Göteborg hör utredningsenheter i Borås, Halmstad och Skövde. Malmökontoret har utredningsenheter i Karlskrona och Kristianstad.
Ekobrottskansliet
Ekobrottskansliet är en enhet vid Rikskriminalpolisen som ställer poliser till Ekobrottsmyndighetens förfogande och leder polisverksamhet som faller inom Ekobrottsmyndighetens ansvarsområde. Ekobrottskansliet leds av en polischef. Poliserna har fortfarande anställning inom polisväsendet men tjänstgör vid Ekobrottsmyndigheten.

Operativ samverkan
Vid varje ekobrottskammare inom Ekobrottsmyndigheten finns 25-45 medarbetare under ledning av en chefsåklagare. Den polisiära verksamheten vid varje kammare står under ledning av en kammarkommissarie.
Åklagare, poliser, ekorevisorer och ekoadministratörer arbetar i samverkan med myndighetens operativa uppgifter; att upptäcka och förhindra brott samt att utreda brott och lagföra brottslingar. Detta är ett unikt sätt att arbeta inom rättsväsendet och spelar en avgörande roll för att kunna nå bra resultat, speciellt vid komplicerade ekobrottsutredningar.
Genom att utveckla förmågan till nära samverkan mellan de olika yrkeskategorier som ingår i varje utredningsgrupp har gruppens samlade kompetens på ett effektivt sätt kunnat användas i utredningsarbetet under hela förfarandet, från anmälan till lagakraftvunnen dom.
Skatteverkets skattebrottsenheter biträder Ekobrottsmyndigheten i utredningar som gäller främst skattebrott och bokföringsbrott. Ekobrottsmyndigheten satsar betydande resurser på att utveckla samarbete med skattebrottsenheterna. Samtliga förundersökningar som bedrivs vid Skattebrottsenheterna leds av en åklagare. Skattebrottsenheterna utgör ett viktigt resurstillskott i den utredande verksamheten.
Ekobrottsmyndigheten har också ett samarbete med Tullverket i samband med förundersökning och lagföring av vissa tullbrott.
GD:s kansli
Generaldirektören har till sitt förfogande en polischef och tre högre åklagare. I kansliet ingår rätts- och utvecklingsenhet, personalenhet, ekonomienhet och ett ledningssekretariat med funktionerna information, omvärldsanalys samt kriminalunderrättelseverksamhet.
Ekobrottsmyndigheten bedriver en omfattande utbildningsverksamhet för medarbetarna samt för ekoåklagare och ekopoliser utanför Ekobrottsmyndigheten.
Översiktsbild över organisationen