En viktig del av Ekobrottsmyndighetens kamp mot den ekonomiska brottsligheten och myndighetens brottsförebyggande verksamhet är kontakter och samverkan med andra myndigheter.

Ekobrottsmyndighetens verksamhet bedrivs i nära samarbete med expertis från andra myndigheter. Skatteverkets skattebrottsenheter biträder Ekobrottsmyndigheten i utredningar som gäller främst skattebrott och bokföringsbrott och är ett viktigt resurstillskott i den utredande verksamheten. Ekobrottsmyndigheten satsar betydande resurser på att utveckla samarbetet med skattebrottsenheterna.

Ekobrottsmyndigheten samarbetar också med Tullverket i samband med förundersökning och lagföring av tullbrott.

Andra samverkande myndigheter är till exempel Kronofogdemyndigheten, Finansinspektionen, Bolagsverket och Brottsförebyggande rådet.