Ekobrottsmyndigheten har till uppgift att bekämpa och förebygga ekonomisk brottslighet. Verksamheten är uppdelad i brottsförebyggande arbete samt utredning och lagföring.
Ekobrottsmyndigheten svarar för frågor om samordning och andra åtgärder mot den ekonomiska brottsligheten. Dessutom ansvarar Ekobrottsmyndigheten för samordning av nationella åtgärder mot bedrägerier, missbruk och annan oegentlig och ineffektiv hantering och användning av EU-relaterade medel i landet. EBM är kontaktmyndighet till EU-kommissionens bedrägeribekämpningsbyrå (OLAF).
En viktig uppgift för Ekobrottsmyndighten är att utveckla metoder för att effektivisera bekämpningen av den ekonomiska brottsligheten. Både inom myndigheten och i samverkan med andra myndigheter sker en ständig utveckling av arbetsmetoder med sikte på effektivitet och produktivitet.